El estado cuenta con una gran variedad de especies de flora, predominan los matorrales en la planicie costera, al noroeste y región central. Hay selvas en la parte sureste del estado, seguidas por el matorral sub-tropical; los pastizales se ubican al norte y en los límites con Chihuahua se localizan los bosques templados.
En las regiones secas se encuentran una gran gama de plantas xerófilas, como los sahuaros, y árboles como el mezquite, el palo blanco, el palo fierro, el palo verde y el torote, ya que tienen sistemas de adaptación como crecer a la orilla de riachuelos y en las faldas de los cerros, no ser muy altos para contrarrestar la fuerza del viento y tener la madera muy dura y raíces largas que penetran en la tierra hasta encontrar un depósito de agua.
La mayoría de los bosques se localizan en el noreste del estado y cubren cerca de 6.4% del estado Esta área es la que tiene la temperatura más fría. La deforestación es un problema significativo, en especial después de 1980, debido al incremento en la tasa de corte de árboles. Muchos árboles de mezquite también han desaparecido por la demanda de combustibles locales y el mercado del carbón de mezquite en México y los EUA.
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